幕末の動乱による戦禍、明治維新による東京奠都（※）により、京都は衰退の危機にありました。しかし、町衆をはじめとする明治の先人達は、厳しい状況下にもかかわらず、京都の復興のため、都市基盤の整備や勧業政策など様々な近代化政策を実施しましたが、中でもとりわけ力を入れたのが“教育”でした。我々の先人達は、「まちづくりは人づくりから」の信念により、明治５(1872)年の学制公布に先立ち、明治２年に日本で最初の学区制小学校である６４校もの「番組小学校」を開校させました。
　京都市学校歴史博物館は、「番組小学校」をはじめとする京都の教育の伝統と、学校の運営と創設に力を注いだ町衆の情熱を全国に発信するため、京都市の学校に遺された歴史資料（教科書・文献資料・教材・教具等）、卒業生などが学校に寄贈した美術工芸品（絵画・書跡・陶磁器・染織等）を収集・保存し、展示を行っている施設です。
　平成１０(1998)年１１月、元 京都市立開智小学校（明治２年６月・下京第１１番組小学校として開校）の施設を改修整備して開設しました。展示室・収蔵庫の整備、エレベーターの新設など博物館としての機能を整える一方、外観などについては最小限の改修にとどめています。
　平成１６(2004)年１２月から博物館相当施設に指定されています。
　※「奠都」とは「新たに都を置く」ことを言います。明治維新で首都機能は東京に移りましたが、京都を都として廃する宣言はなされませんでした。